Q1
益生菌到達腸道前會被胃酸殺死，
所以服用益生菌根本無效？
A根據世衛的定義，益生菌是「活的微生物，當以足夠的份量進入人體時，能對健康產生益處」。每一種被稱為益生菌的細菌，都是經過仔細研究，證實能在胃酸下有高存活率，並能到達腸道帶來益處，才能被配上「益生菌」的稱號。
其實本來胃酸就不是所有細菌都能殺死，就如一些細菌能抵抗胃酸到達腸道讓我們不適（所以我們稱之為害菌），亦有一些細菌能抵抗胃酸到達腸道帶來益處（所以我們稱之為益生菌）。
而更重要的是，現時益生菌功效已經過無數研究驗證。如益生菌會全被胃酸殺死，這些實證亦不可能存在。
Q2
腸道細菌達100兆以上，口服益生菌只有數億，所以服用益生菌根本無效？
A雖然補充劑的益菌含量與腸道一百兆以上的細菌有很大差距，但現時研究已清楚表明，當我們能為腸道補充優質、多樣性及100億以上有效劑量的益生菌，就能為失調的腸道補給「益菌精兵」，與腸道原本的益菌「原住民」互相幫助，戰勝害菌重奪優勢，最後達致調理腸道細菌失調的作用。
Q3
補充益生菌食乳酪就得，沒有必要服用益生菌？
A無論存在於食品或保健食品的益生菌，要有效改善腸道細菌平衡，首要條件是益菌數量要符合「臨床研究顯示的有效劑量」，這個有效劑量對成人而言是100-200億，兒童則是50-100億，而且一般情況下劑量更高效用會更好。然而，大部分的乳酪食物及飲品，其益菌數量都只是介乎1-10億之間。
而且，乳酪及乳酸飲品是一般含有極高糖分，而糖其實是壞菌最喜歡的食糧之一。科學研究清楚表明，進食高糖分食品反而會促進害菌增長。相對而言，優質的口服益生菌不單能達有效劑量，而且一般都不含糖分，比起乳酪及乳酸飲品能更有效調理腸道。
Q4
抗生素好壞菌通殺，所以服用抗生素時應停吃益生菌？
A抗生素是好壞菌通殺，如果益生菌與抗生素「同時」或以「非常接近的時間」服用，益生菌的確會受到影響。但如相隔1-2小時服用，益生菌不但不受影響，更可減輕抗生素對腸道細菌平衡的影響，讓腸胃更快恢復正常狀態，所以服用抗生素時其實更應該服用益生菌。
Q5
長期服用益生菌會造成依賴，腸道益菌無法再自行繁殖？
A科學上，從來沒有研究顯示原本在腸道駐紮的各種益生菌，其繁殖能力會因服用益生菌保健食品而下降。停用益生菌後腸胃問題重現，主要是生活上仍然存在著各種增加害菌、減少益菌的因素，在沒有益生菌保健食品的支援下，壞菌數量重新提升，令原本已經調理好的細菌平衡，逐漸重回失調狀態，腸胃當然會再度變差。
Q6
抵抗力差或老人服用益生菌會有感染風險？
A益生菌的安全性極高，即使是文獻上現存的研究亦沒定下益生菌服用量的「上限」。只有一些患有重症、免疫系統嚴重受損的人，才會有極低的感染風險。事實上，益生菌本來可幫助提升腸道免疫力，適合抵抗力差人士及長者服用。
Q7
服用益生菌會腹瀉？
A由於益生菌可改善便秘問題，令不少人誤以為益生菌是類似瀉藥的物質。其實一般正常的口服益生菌都不是藥物，為甚麼能改善便秘是由於改善了腸道細菌失調，促進了腸道蠕動，才會令排便變得正常。